民国年间京剧在民间风靡一时，当时的受欢迎程度就好比现在的影视表演，音乐说唱；大小戏班子在京城的街头随处可见。领着一个男孩的这个女人是一个野鸡，不知道是因为生活的无奈，还是职业的压力他把孩子送到了戏班。戏班师傅打量着男孩，发现男孩是六指，戏班子里不收这种身体有缺陷的人，这或许不是缺陷，比正常人还多一指，但是戏班师傅坚决不收男孩为徒。女人只好挥起菜刀把男孩多的一指砍掉，男孩的反应让人不寒而栗，被砍掉一根手指他居然没有任何的反应。
男孩变得正常了，戏班师傅也打野收徒了，签了字据以后女人便离去了。留下来的男孩得名小豆子。随着女人的离去小豆子算是被遗弃了，来到戏班里他不但要承受被遗弃的痛苦还要经受其他人的嘲讽，他被骂是哪里来的的窑子，所有人都不待见他，这时出现了他生命中最重要的人小石头。小石头在众人面前为她撑腰，面对师傅严厉的训练小石头帮他完成，这也让师傅严厉的惩罚了他们。
没有任何的依靠和关心，在小豆子心底，小石头慢慢成为了他最得依靠。春夏秋冬，暑往寒来，小豆子和小石头慢慢长大，他早已适应的这里的生活。长发变为的贴皮短发，师傅依旧严厉无比，男儿身唱昆曲，总是因为一句“我本是女娇娥又不是男儿郎”手掌被打的皮开肉绽。小石头再三的嘱咐，告诉他把自己想象成女的。
大背头师傅：“人总有万般能耐，可终也抵达不过天命……虞姬最后一次为霸王舞剑，而后拔剑自刎，从一而终”。但就在一次重要的演出中小豆子还是出错了，小石头也知道师傅的怒火，在师傅发怒之前亲自惩罚了小豆子，同用烟斗在小豆子说错话的嘴里来回地掏弄，小豆子满嘴流着血终于是把词念对了。从此一位旦角新手冉冉升起，小豆子逐渐达到了人戏合一，雌雄不辨的境界。
若干年后小豆子和小石头也是长大成人，他们凭借着深厚的功底精湛的技艺成为了当世脍炙人口的名角，一出霸王别姬更是被奉为无二经典，他们都有了自己的艺名，小豆子名为程蝶衣，小石头名为段小楼。随着无数次的演出，早已疯魔成活的程蝶衣对段小楼的感情变得微妙，就在一次段小楼为一名妓女出头的事件里，程蝶衣对段小楼强烈的不满，后来段小楼更是要娶妓女菊仙，从此二人闹得分崩离析。
后来段小楼因为演出和一名汉奸发生的冲突，更是被抓了起来，尽管他们二人已经闹掰了但是程蝶衣为了救出段小楼给日本人唱戏。可是段小楼对汉奸和日本都是恨之入骨的，程蝶衣为了救他所做的一切让他不仅没有感谢而且还十分的生气，更是给了程蝶衣一嘴巴子，两人的矛盾也因此而加深。程蝶衣风光依旧但是时却失去了自我，他甚至染上的毒瘾；而对于不能再唱戏的段小楼早已自暴自弃，没有了霸王的威风，霸王的脾气却从未消去。最后还是在师傅的调解之下才重归于好，时间流逝，岁月变迁，师傅不在了，他们也从徒弟变为了师傅。
程蝶衣和段小楼依然炙手可热，但是冲突再起，菊仙也在冲突中流产，程蝶衣也再一次被扒出之前给日本人唱戏被抓了起来，这一次是段小楼帮程蝶衣脱身，但是就在法庭之上程蝶衣的一番话为后来的悲剧埋下了悲剧。
在一次变革之中，他们惨遭批斗，面对批斗段小楼没有了霸王的威风，他是无比的怕死；他把程蝶衣之前的所有“罪行”一并交代，程蝶衣彻底心碎。程蝶衣也揭发了段小楼，段小楼为了自保更是和菊仙划清了界限。菊仙后来也在失望与悲伤中离开人世。
十一年后传程蝶衣和段小楼再一次重演的霸王别姬，在虞姬拔剑自刎的戏份中程蝶衣也是人戏合一，结束了自己的一生高山仰止，绝代风华，就此消陨！或许也只有这样才配得上人戏合一疯魔成活的程蝶衣。
影片悲剧的收场让人唏嘘，每一个人都无法理解成蝶的选择，其实程蝶衣的悲剧在六指变五指的那一刻就早已注定······
